选择环保专业可能面临以下挑战和不利因素：

就业率和待遇问题

环保专业的应届生就业率较低，且薪资待遇通常不如其他热门专业如计算机、金融和互联网行业。

环保行业的薪资水平普遍偏低，例如计算机专业起薪8000元以上，而生化环材专业可能只有5000元左右。

专业知识和技能的实用性

大学阶段学的理论知识较多且杂，很多课程没有学得透彻，导致毕业后从事工作时发现专业知识和技能要求不高，甚至通过简单培训就能成为从业者。

环保专业的工作岗位对技术的要求相对较低，低门槛决定了工资水平。

行业前景和市场需求

环保行业在整个就业市场来说算是最不景气的行业之一，市场对环境工程相关人才缺口并不大。

环保工程大多数追求表面，环境工程在现阶段主要属于市政工程，不会创造价值，因此会压缩人力成本。

工作环境和条件

环保行业的工作环境相对恶劣，很多岗位在户外，对从事环保工作的人员的身体素质和心理素质要求较高。

由于人才过剩，工资水平不高，且工作环境苛刻，导致人才流失率较高。

行业规范和职业发展

环保行业缺乏统一规范，有的规范没有代表性，模棱两可，导致工作内容和职责不明确。

环保对口部门如环保局通常不受重视，导致学环境专业的出路渺茫。

企业规模和稳定性

环保行业多为小企业或家族企业，管理不正规，奖罚不明，工程师的话语权有限。

环保企业的整体数量和规模有限，导致相关岗位数量不多。

综上所述，选择环保专业可能存在就业难、待遇差、专业知识和技能实用性不强、行业前景不明朗等问题。因此，在做出选择时，建议综合考虑个人兴趣、职业规划以及行业前景，谨慎评估环保专业的利弊。