海洋环保专业的课程结构通常包括以下几个方面：
工程力学、 物理化学、 环境工程原理、 环境化学、 水力学、 环境工程微生物学、 环境监测、 环境评价与规划、 水污染控制工程、 空气污染控制工程、 海洋环境保护等。
海洋生态学、 海洋科学导论、 环境科学概论、 微生物学、 海洋环境监测与评价、 海洋技术概论、 环境毒理学、 环境中的分子生物学诊断技术、 海洋生物资源评估与管理等。
高等数学、 化学、 计算机应用基础、 海洋科学导论、 环境微生物学、 海洋生物学、 海洋资源与利用、 海洋微生物学技术、 海洋天然产物化学、 海洋环境化学、 海洋防污染与环境保护、 海洋滩涂土地资源开发、 环境影响评价、 海水养殖、 海洋浮游生物学等。
无机及分析化学、 有机化学及实验、 现代水文学、 地理信息系统原理等。
植物学、 动物学、 水生生物学、 鱼类学、 微生物学、 渔业资源与渔业、 海洋生物资源与环境调查、 海洋生物资源评估、 海洋生物资源增养殖学、 海洋法与渔业法规、 渔政管理学等。
这些课程涵盖了海洋环境保护的各个方面，包括环境监测、污染防治、生态修复、资源评估与管理等。此外，实践性教学环节如教学实习、专业实践、课程实习、海洋生物调查等也是海洋环保专业的重要组成部分，旨在培养学生的实际操作能力和解决实际问题的能力。
