东莞环保主要查以下几个方面：

落实省大气十条、水十条、《强化措施》工作进展情况：

检查相关政策和措施是否得到有效执行。

“小散乱污”和“十小”企业取缔情况：

对不符合环保要求的小企业进行取缔。

饮用水源保护区内违法建设项目的取缔情况：

确保饮用水源安全，取缔违法建设项目。

重点信访案件处理情况：

包括省领导高度关注、群众反映强烈、社会影响恶劣的投诉案件。

机动车排放检验机构监管：

对机动车排放检验机构进行监管，查处违法行为。

第三方环保服务机构弄虚作假问题专项整治：

打击环保服务机构的不规范行为。

企业环保落实情况：

检查企业是否依法取得相关环保许可，是否按照环评批复及批复文件要求落实环保措施。

企业生产情况：

包括企业所属行业及主要产品、产品及产能、各线是否存在运营，以及是否存在违法建设、环评一致性问题。

污染防治：

检查企业废水、废气、废渣等污染物的排放情况，确保企业污染治理设施运行正常，排放达标。

生态保护与建设：

关注自然生态的保护与建设情况，如森林、草原、湿地等自然资源的保护状况，以及生态修复工程的效果。

环境应急管理和风险防控设施落实情况：

排查企业环境应急管理和风险防控设施的落实情况。

产业政策符合性排查：

对企业项目的排查，判断其相关生产线及生产设施的产业政策符合性。

固体废物排查：

排查企业一般工业固体废物、危险废物的产生、贮存及处置环节。

环保设备排查：

检查企业运营设备的运营情况，并对工程设备的运营达标率做出判断。

排污许可执行情况排查：

从环境管理台账的完备性、自行监测计划的完整性、执行报告发布的及时准确性角度出发，对企业排污许可执行情况进行排查。

建议企业要严格遵守环保法律法规，加强内部环保管理，确保各项环保措施落实到位，以减少环境污染，保护生态环境。