小工厂申请环保手续，一般需要遵循以下步骤：

咨询与准备

向当地环保部门咨询办理审批所需要的资料及证件。

根据环保部门的相关要求准备资料，如名称核准书、法人身份证、房产证或房屋租赁合同、产品原材料、主要产品年产量等。

提交申请

递交准备好的资料提出申请。

环保局审查申请资料，资料合格则受理申请并进入核查程序；若资料不合格，则要求补充资料，申请人应在规定时间内补充完善后再次提交申请。

现场勘查与环评

环保局或安监局进行环境保护审批咨询并进行现场勘查。

建设单位需填写《建设项目环境影响登记表》或委托环评单位编制《建设项目环境影响报告表》或《建设项目环境影响报告书》。

技术评审或现场核查，并由窗口受理并进行环境影响评价文件审查，审查时间根据文件类型不同而有所差异。

审批与发证

环保局或安监局作出行政审批决定，若符合要求则发证；若不符合要求，则作出书面决定，说明理由，并告知申请人复议或诉讼权。

环保验收

通过环评审批的企业，在投产前需要环保部门进行三同时验收手续，确保环保设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。

其他相关手续

若申请绿色工厂，还需按照相关程序进行自我评价、委托第三方评价机构进行现场评价，并向省级工业和信息化主管部门提交申请材料。

建议：

提前与当地环保部门沟通，了解具体的申请要求和流程，确保资料齐全、准确。

委托有资质的环评单位编制相关环评文件，确保文件质量符合要求。

在整个申请过程中，保持与环保部门的沟通，及时响应并处理补充材料或整改要求。