环保立案的处理流程通常包括以下几个步骤：

举报与受理

环境保护部门或其他执法机构接到报案、控告、举报或自首后，将对这些线索进行初步审查。

审查内容包括对相关证据资料的搜集和核实，以确定是否存在违法犯罪嫌疑且满足立案标准。

立案审查

初步审查通过后，执法机构将正式启动立案程序，并指定案件的具体承办人员。

立案过程中，执法机构需对案件进行详细登记和编排号码，并建立完整的案件档案。

调查取证

环保立案后，将展开一系列调查程序，包括询问当事人、现场勘查、检验鉴定等。

调查过程中，执法人员应出示权利告知书，并确保当事人了解自己的权利。

当事人有权对检验鉴定结果提出异议，并可以申请重新检测和鉴定。

证据保存与处理

在调查过程中，可能会对相关场所或其他证据进行登记保存或查封、暂扣。

当事人应注意物品的数量和处置时间，例如登记保存的物品在7天后自动解除。

处罚与复议

如果调查结果显示当事人确实违法，环境保护部门将作出行政处罚决定，并出具行政处罚决定书。

当事人如对处罚不服，可以向处罚单位的上一级申请复议。复议也有时间限制，需注意处罚决定书中的相关条款。

案件撤销

如果经过调查，发现当事人并没有违法，环境保护部门将撤销案件，并开具相应文书通知当事人。

撤销案件后，之前扣押、查封的物品应当退还给当事人。

处罚执行

环境保护部门应当在立案之日起三个月内作出处罚决定，但案件办理过程中的听证、公告、监测、鉴定、送达等时间不计入期限。

法律途径

如果当事人对行政处罚决定不服，可以通过法律途径进行申诉，包括申请行政复议或向人民法院提起诉讼。

以上步骤概述了环保立案后的处理流程，具体操作过程中可能会根据案件的具体情况和当地法律法规有所不同。