水利环保资质的申报流程如下：

准备阶段

领取营业执照。

准备申请资质等级相应的技术人员，如建造师、职称人员、技术工人等。

申请阶段

以法人名义向区（县）建设行政管理部门提出书面申请，经区、县建设行政管理部门同意后，报地、市建设行政主管部门。

建设行政主管部门同意后，申请企业按照当地准入条件的要求，向当地资质认证部门提出申请。

审核与批准阶段

经批准后，申请企业可以依法办理工商登记，领取营业执照。

申请企业凭营业执照到区县建设行政主管部门审核签字和企业技术负责人等相关资料，到当地行政许可服务中心水利资质窗口申请资质证书。

所需资料

企业法人营业执照副本。

企业章程。

企业法人任职文件及身份证明。

企业经理和技术、财务负责人的身份证明、职称证书、任职文件及相关资质标准要求的技术负责人代表工程业绩证明材料。

如有设备、厂房等要求的，应提供设备购置发票或租赁合同以及相关资质标准要求提供的其他资料。

公司相关规则制度文件。

企业办公场所房屋所有权证，自有设备发票。

业绩材料（初次办理不需要，资质升级需要）。

其他注意事项

资质申请一般由初次办理和资质升级两种情况，初次办理不需要准备业绩材料，而资质升级则需要。

提交的申请材料必须符合相应阶段资料在数量和质量方面的要求，各种表格必须填写清楚，并加盖建设单位公章。

需要取得建设单位的上级主管局（总公司）的环保机构的预审意见。

办理竣工验收手续，提交环境监测中心站的《排放污染物监测报告单》。

以上是水利环保资质申报的基本流程和所需资料，建议在申报过程中严格按照相关规定准备材料，确保资料的真实性和完整性，以提高申报成功的几率。