遇到环保检查时，企业应采取以下措施来妥善处理：

立即整改

收到环保部门的整改通知后，企业应迅速组织专业人员对存在的环保问题进行全面排查和分析，找出问题的根源。

根据问题根源，制定详细的整改方案，包括具体的整改措施、实施步骤、时间节点和责任人。

严格按照整改方案推进整改工作，确保各项措施落实到位，并在整改过程中定期对整改效果进行评估和监测。

积极沟通与配合

主动与环保部门保持联系，及时向其汇报整改工作的进展情况，认真听取环保部门的意见和建议。

对于环保部门提出的疑问和要求，要积极回应并提供相关的证明材料。

在环保部门进行调查和检查时，企业应积极配合，提供真实、准确的信息和数据，不得隐瞒、谎报或阻挠环保部门的工作。

申请行政复议或提起行政诉讼（必要时）

如果对环保部门的处罚意见不服，可以向有关机构申请行政复议或者向人民法院提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出行政处罚决定的行政机关可以采取加处罚款、查封扣押财物、申请法院强制执行等措施。

建立完善的环保监督体系

建立安全环保监督委员会，负责对企业各个阶层的安全生产和环境保护情况进行监督和管理。

聘用专业的安全环保监管人员，熟悉并掌握工作性质，提高监督管理的效率和效果。

明确安全环保监督检查的内容，建立具体、可操作的检查标准和方法。

遵守法律法规

企业应严格遵守《环境保护法》等相关法律法规，确保生产活动符合环保要求，避免因违法行为受到处罚。

通过以上措施，企业可以更好地应对环保检查，及时纠正环保问题，保障企业的合法合规经营。