当工厂遇到环保问题时，可以采取以下措施进行处理：

立即整改

分析问题根源，找出环保问题的具体原因，如废水排放不达标、废气排放超标等。

制定详细的整改方案，包括整改措施、实施步骤、时间节点和责任人。

严格按照整改方案推进整改工作，并定期评估和监测整改效果，确保达到环保标准要求。

积极沟通与配合

主动与环保部门保持联系，及时汇报整改工作的进展情况，听取意见和建议。

对于环保部门提出的疑问和要求，积极回应并提供相关的证明材料，如设备采购合同、施工图纸、检测报告等文件。

法律途径

了解并行使陈述和申辩的权利，在收到处罚通知后，详细陈述事实、提供证据，争取免除或减轻行政处罚。

申请听证，收集材料证据，以减少企业损失。

在收到行政处罚决定书六十日内，可以向上级主管部门提出行政复议申请，要求改变或撤销处罚决定。

在收到行政处罚决定后的六个月内，可以向法院提起行政诉讼，维护企业权益。

污染物治理与减排措施

针对工厂排放的废气、废水等污染物，采取有效的治理措施，如烟气脱硫、脱硝、除尘、VOC治理、废水处理等。

实施节能减排措施，如引入新能源、优化工艺流程、减少能源消耗等，降低对环境的影响。

应对环保检查

确定环保检查的具体行业和检查内容，积极配合环保部门的检查工作。

在初查环节，了解污染状况、事故根源、责任人等信息，并制定防治措施，迅速消减污染与破坏危害。

法律责任

如果环保违法行为严重，可能面临罚款、没收违法所得、责令停产停业、暂扣或吊销许可证或执照、行政拘留等处罚。

在构成犯罪的情况下，企业法人可能会被追究刑事责任。

通过以上措施，工厂可以有效应对环保问题，确保合法合规生产，减少对环境的影响。