要关闭三星S6的自动更新系统，请按照以下步骤操作：
1. 打开手机的“设置”应用。
2. 滚动到“应用程序”或“应用管理”，然后点击“设定”进入设定界面。
3. 在设定界面中，点击“关于设备”或“设备信息”。
4. 接着点击“系统更新”或“软件更新”。
5. 在系统更新界面中，找到“自动更新”选项，并取消对勾即可关闭自动更新。如果已经下载了系统升级安装包，但希望取消自动安装，可以选择“稍后安装”而不是完全关闭自动更新功能。需要注意的是，某些情况下，即使取消了自动更新，更新图标可能仍然会显示在屏幕上，这时可以选择关闭更新通知来进一步减少干扰。如果上述方法都不奏效，可能需要考虑将手机恢复出厂设置来彻底关闭系统更新功能。但请注意，这将删除所有手机上的数据，因此在执行此操作前请务必备份重要数据。
