不完全连锁（incomplete linkage）是指在减数分裂过程中，同源染色体上的非等位基因之间发生部分基因的交叉互换，导致基因重组不完全。
具体来说，不完全连锁的杂合体在形成配子时，除了产生亲型配子（即未发生基因重组的配子）外，还会产生少量的重组型配子（即发生了基因重组的配子）。不完全连锁与完全连锁（complete linkage）相对，后者指的是同源染色体上的非等位基因之间不能发生非姐妹染色单体之间的交换，导致F1只产生两种亲型配子，其自交或测交后代个体的表现型均为亲本组合。不完全连锁的现象在生物界中普遍存在，是经典遗传理论的重要组成部分，对理解遗传规律具有重要意义。
