在水产养殖中，常用的细菌种类包括：

光合细菌：

光合细菌通过光合作用，消耗水体中的小分子有机物、铵、硝酸盐和亚硝酸盐，起到净化水质的作用。

芽孢杆菌：

芽孢杆菌属于革兰氏阳性菌，好氧，能产生孢子，具有高活性的消化酶系、耐高温、抗应激性的异养菌。它们可以降低水体中硝酸盐、亚硝酸盐的含量，从而改善水质。枯草芽孢杆菌在代谢过程中还产生一种具有抑制或杀死其他微生物的枯草杆菌素。

EM菌：

EM菌是由多种益生菌组成的混合菌群，具有多种功能，包括改善水质、分解有机废物、促进植物生长、增强养殖动物的免疫力等。EM菌广泛应用于水产养殖和农业，以提高生产效率和环境的可持续性。

乳酸菌：

乳酸菌在分解溶解性有机质方面效果突出，可以降低水体黏度，减少氨氮、亚盐和硫化氢的产生，同时内服可调理肠道，促进营养物质的消化吸收，补充营养。但过量或频繁使用可能导致水体偏酸。

酵母菌：

酵母菌添加到食物中能黏附在肠道中，刺激鱼虾体内淀粉酶和刷状缘膜酶的分泌，从而提高动物对食物的利用率。酵母菌在与有害菌生存竞争中成为优势种群，抑制有害菌的生长。

硝化细菌：

硝化细菌负责将氨氮和亚硝酸盐转化为硝酸盐，从而降低水体的氨氮浓度，改善水质。

蛭弧菌：

蛭弧菌是一种寄生于其他细菌细胞内并能使其裂解的一类细菌，主要用于净化水体，减少水体致病微生物数量，降低鱼虾蟹染病率和控制病害的发生。

建议

根据不同的养殖环境和需求，可以选择适合的细菌种类进行使用。例如，在光合作用较差的深水区，光合细菌的效果可能不明显；而在需要降低水体中氨氮、亚硝酸盐浓度的场合，硝化细菌和芽孢杆菌则更为适用。同时，使用这些细菌时应遵循适当的施用方法，如活化、泼洒等，以确保其效果最大化。