小棚养殖最适合使用的菌种包括以下几种：

地衣芽孢杆菌

作用：地衣芽孢杆菌能够分解水中的有机物，如未完全消耗的饲料和虾的排泄物，从而减少有害物质（如氨氮、亚硝酸盐和硫化物）的积累，改善水质。此外，它还能产生抗菌物质，抑制或杀死水中的有害细菌和真菌，减少虾类疾病的发生，并促进虾的健康生长。

光合菌

作用：光合菌通过光合作用，消耗水体中的小分子有机物、铵、硝酸盐和亚硝酸盐，起到净化水质的作用。它还能产生抗病毒物质，全面提升水产养殖动物的抗病毒能力，减少疾病的发生，并提高水体的透明度。

乳酸菌

作用：乳酸菌可以拌料内服也可外泼。内服可以在肠粘膜表面定植占位，修复肠道菌群屏障，调节肠道菌群平衡，分泌乳酸和消化酶，增强机体的营养代谢，促进营养物质的消化吸收，并激活机体免疫应答，提高抗病能力。外泼可以分解剩料、粪便等有机质，降解氨氮等有害物质，降低水体pH，改善水体环境。

芽孢杆菌

作用：芽孢杆菌能降解水体中的氨氮和有害物质，改善水质，快速在水体中形成优势有益微生物菌群，抑制病原菌和有害藻类，营造良好养殖生态环境，并刺激动物免疫器官生长发育，改善肠道内环境。

EM菌

作用：EM菌是由光合细菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌和丝状菌等多种有益菌种混合培养而成，能够维持养殖水质的生态平衡，改善水质，减少疾病的发生，并促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类活化生长。

建议

根据小棚养殖的具体需求和条件，可以选择以上一种或多种菌种进行使用。例如，在养殖前期可以选择EM菌和酵母菌辅助藻类生长繁殖；养殖中期可以选择芽孢杆菌、光合菌和乳酸菌净化水质；养殖后期可以选择硝化细菌、乳酸菌、光合菌和芽孢菌平衡水质。通过合理使用这些菌种，可以有效改善养殖环境，降低疾病发生率，提高养殖成功率和产量。