在室内水产养殖中，可以使用以下几种菌种：

枯草芽孢杆菌：

枯草芽孢杆菌是一种益生菌，能促进水中有益微生物的生长，抑制致病菌，分解有机废弃物，改善水质，增加水中溶解氧含量，提高养殖动物的抗病能力。

地衣芽孢杆菌：

地衣芽孢杆菌也是一种常见的益生菌，其功能与枯草芽孢杆菌相似，能抑制致病菌的生长，改善水质，促进养殖动物的健康生长。

丁酸梭菌：

丁酸梭菌是产丁酸的益生菌，丁酸能提供能量，改善肠道环境，促进消化吸收，增强养殖动物的免疫力，预防和控制肠道疾病。

粪肠球菌：

粪肠球菌是一种常见的肠道菌群，在水产养殖中起到促进养殖动物肠道菌群平衡的作用，能抑制有害菌生长，改善肠道环境，增加养殖动物的消化吸收能力。

EM菌：

EM菌是由多种益生菌组成的混合菌群，有多种功能，包括改善水质、分解有机废物、促进植物生长、增强养殖动物的免疫力等。EM菌广泛应用于水产养殖和农业，以提高生产效率和环境的可持续性。

光合细菌：

光合细菌主要分解小分子有机质，处理氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等，对氮源污染的塘口效果好，增强水体光合作用，治理绿色水质，抑制有害藻类，如蓝藻、裸藻，能抑制细菌、病毒的滋生。

蛭弧菌：

蛭弧菌是一种寄生于其他细菌细胞内并能使其裂解的一类细菌，在水产养殖中用来净化水体，减少水体致病微生物数量，降低鱼虾蟹染病率和控制病害的发生，同时，在虾蟹幼体开食阶段，蛭弧菌可以在虾蟹肠壁附着，起到屏障作用，促进摄食和生长。

建议

选择合适的菌种：根据养殖水体的水质状况、养殖动物的种类和生长阶段，选择适合的菌种进行使用。

合理使用：不同菌种有不同的作用，建议交替使用或混合使用，以达到最佳效果。

活化菌种：对于粉剂的菌种，如枯草芽孢杆菌，需要先用碳源活化，以提高其效果。

注意增氧：使用芽孢杆菌等耗氧型菌种时，要注意增氧，避免水体缺氧。

监测水质：在使用菌种后，要定期监测水质指标，如pH值、溶解氧、氨氮等，确保水质稳定。

通过合理使用这些微生物菌剂，可以有效改善水产养殖的水质环境，提高养殖动物的健康状况和生长速度。