养殖水蛇需要办理的证件主要包括以下几种：

野生动物驯养繁殖许可证：

这是养蛇的基本证件，证明养殖者有权驯养和繁殖野生动物。申请此证需要向当地林业部门的森林野生动物保护站（科）提交申请，并提供相关证明材料，如身份证复印件、照片、申请书、市场报告等。

野生动物经营许可证：

此证允许养殖者进行野生动物的经营和利用。在获得驯养繁殖许可证后，养殖者可以申请此证，以便合法销售和运输蛇类。

工商营业执照：

养殖者需要办理工商营业执照，以证明其养殖业务的合法性和规范性。在申请工商营业执照时，需要提供相关的企业信息和资质证明。

动物防疫证：

根据《动物防疫法》的规定，个人饲养的蛇属于动物防疫监管范围，需要办理动物防疫证。具体办理程序和要求可以咨询当地的动植物检疫部门或宠物医院。

养殖许可证：

某些地区对养殖蛇类也需要办理养殖许可证，具体情况需要咨询当地的农业部门或相关管理机构。

CITES证书：

如果养殖的蛇属于国际公约保护的野生动物，需要办理CITES证书。CITES证书是国际贸易公约下颁发的保护野生动植物及其制品进出口的证书，需要向当地CITES管理机构提交申请。

生产设施用地备案手续：

需要办理生产设施用地的备案手续，签订用地协议在国土局和农业局备案。此外，还需要配套建设污染防治设施，环评手续需到环保局办理。

排污许可证：

养殖者需要办理排污许可证，确保养殖活动符合环保要求。

动物防疫条件合格证：

证明养殖场所符合动物防疫条件，能够有效预防和控制动物疫病。

养殖场备案登记手续：

取得营业执照后，需要到畜牧局办理养殖场备案登记手续。

综上所述，养殖水蛇需要办理的证件和手续较为繁琐，建议养殖者在开始养殖前详细了解当地的相关政策和法规，并咨询相关部门以确保合法合规经营。