网箱养殖的缺点主要包括以下几点：

药物使用不方便：

一旦网箱内出现虫害或病毒等问题，需要使用的药物剂量是平常的数十倍。这不仅涉及药物的稳定性和安全性问题，而且药物的重量也会影响鱼的新陈代谢。

合法性问题：

近年来环保检查严格，手续不完整或不合规的网箱养殖可能会面临法律处罚。

养殖安全性低：

网箱养鱼容易发生各种病害，投药难度和药量增加，降低了养鱼的安全性。例如，网箱四面的网衣可能擦伤鱼体，拉网操作也可能损伤鱼体。此外，恶劣天气如大雨或大风可能导致网箱被冲走或倾倒，造成鱼逃逸。

容易导致死鱼：

未能及时捞出的死鱼可能将疾病传染给全箱鱼，导致其他健康鱼死亡。同时，网箱堵塞会影响水体交换，导致缺氧，进而引发死鱼。

成本高、风险大：

网箱养鱼一次性投资较大，养殖周期长，病害多，风险较大。这限制了产业的发展，尤其是规模化和集约化养殖。

易受风浪影响：

网箱容易受风浪影响而损坏，特别是在恶劣天气条件下，如台风，可能导致网箱损坏和鱼逃逸。

网目堵塞：

网箱使用一段时间后，网目容易被堵塞，影响水体交换，导致箱内氧气不足，进而影响鱼类的生存。

环境污染：

网箱内鱼类的粪便和残饵容易堆积，清洗网箱时需使用消杀药物，这些因素综合起来对水质产生较大影响。

管理难度大：

尽管网箱养殖管理相对直接，但对工人的依赖性较强，工人操作疏忽可能影响养殖效果。

综上所述，网箱养殖虽然具有单产高等优点，但在药物使用、合法性问题、养殖安全性、死鱼风险、成本控制、环境友好性等方面存在明显的缺点。养殖户在选择养殖方式时，需要综合考虑这些因素，并采取相应措施以降低风险。