在水产养殖中，常用的菌种包括以下几种：

光合菌：

光合菌能够利用光能将水体中的硫化氢和有机物质转化为无害物质，同时产生抗病毒物质，提高水产养殖动物的抗病毒能力，并有助于提高水体的透明度和间接增氧。

乳酸菌：

乳酸菌可以内服和外泼，内服有助于修复肠道菌群屏障，调节肠道菌群平衡，分泌乳酸和消化酶，增强营养代谢和免疫力；外泼则能分解剩料和粪便等有机质，降低水体pH，改善水体环境。

芽孢杆菌：

芽孢杆菌能够分解水体中的大分子有机质和有害物质，如氨氮和亚硝酸盐，提高水体的活力和自净能力，并快速形成优势有益微生物菌群，抑制病原菌和有害藻类。

EM菌：

EM菌（有效微生物群）是由多种微生物混合培养而成，具有抑制病原微生物和有害物质、促进有益菌群和藻类生长、保持水体生态平衡等多种功能。

硝化细菌：

硝化细菌能够将氨氮和亚硝酸盐转化为硝酸盐，从而降低水中的氨氮浓度，改善水质。

蛭弧菌：

蛭弧菌是一种专门寄生于细菌的微生物，能利用寄主菌的营养进行生长和繁殖，并最终导致寄主菌裂解，对多种革兰氏阴性菌具有杀灭作用。

根据具体的养殖需求和水质状况，可以选择适合的菌种进行使用。例如，在高密度养殖环境中，可以每天添加微生物菌剂来维持水质稳定和促进有益微生物的生长。在水质较差的情况下，可以添加光合菌和芽孢杆菌来净化水质和抑制有害微生物。此外，酵母菌和乳酸菌在促进动物肠道健康和免疫力方面也有显著效果。

建议在实际应用中，根据养殖场的具体情况（如养殖种类、水质状况、养殖规模等），选择合适的菌种组合和使用方法，以达到最佳的养殖效果。