在大棚养殖小鸡时，可以使用以下药剂进行消毒和预防疾病：

过氧化氢：

具有广谱杀菌和高效消毒的特点，残留物对环境无害，但需避光储存。

漂白粉：

廉价易得，具有广谱杀菌和高效消毒的作用。

碘酊：

可以杀灭多种病原体，但对皮肤和黏膜有刺激性，需谨慎使用。

氯己定：

能杀灭多种病原体，但残留物对环境和人体有一定危害。

复合酚类：

如菌毒敌、农家福、菌毒灭、来苏儿等，对病原微生物有较好的杀灭作用。

醛类：

如戊二醛、环氧乙烷、甲醛等，高效消毒剂，具有强大的杀灭微生物作用。

季胺盐类：

如消毒-99、百毒杀等，对细菌繁殖体和亲脂性病毒有较好杀灭作用。

含氯制剂：

如84消毒液、菌毒净、优氯净等，可杀灭所有类型微生物，适用于饮水消毒。

过氧化类：

如过氧乙酸，消毒效果好，价格便宜，但有一定腐蚀性。

脱霉剂：

如无霉剑客，用于预防和控制霉菌生长，避免霉菌毒素对鸡的健康影响。

抗应激药：

如维矿剑客，含有丰富的维生素和矿物质，可以提高鸡的免疫力，减少应激反应。

驱虫药：

如芬苯达唑，用于控制和预防寄生虫感染，保护鸡只健康。

营养类药物：

如电解多维、氨基酸等，用于补充能量，缓解应激。

抗生素类药物：

如恩诺沙星、阿莫西林等，用于提高雏鸡抵抗力，减少病菌感染。

中药类制剂：

如加免剑客、肌腺剑客等，用于预防和控制疾病，调节肠胃功能。

抗病毒药：

如清温太保，用于提高鸡抵抗病毒的能力，防止和治疗病毒感染。

维生素：

如多维太保，补充丰富的维生素和矿物质，提高免疫力，促进生长发育。

建议根据具体情况和需求选择合适的消毒剂和药物，定期进行消毒和预防疾病，确保小鸡健康成长。