在室内水产养殖中，常用的菌类包括以下几种：

枯草芽孢杆菌：

枯草芽孢杆菌是一种益生菌，能促进水中有益微生物的生长，抑制致病菌，分解有机废弃物，改善水质，增加水中溶解氧含量，提高养殖动物的抗病能力。

地衣芽孢杆菌：

地衣芽孢杆菌也是一种常见的益生菌，其功能与枯草芽孢杆菌相似，能抑制致病菌的生长，改善水质，促进养殖动物的健康生长。

丁酸梭菌：

丁酸梭菌是产丁酸的益生菌，丁酸能提供能量，改善肠道环境，促进消化吸收，增强养殖动物的免疫力，预防和控制肠道疾病。

粪肠球菌：

粪肠球菌是一种常见的肠道菌群，在水产养殖中起到促进养殖动物肠道菌群平衡的作用，能抑制有害菌生长，改善肠道环境，增加养殖动物的消化吸收能力。

EM菌：

EM菌是由多种益生菌组成的混合菌群，有多种功能，包括改善水质、分解有机废物、促进植物生长、增强养殖动物的免疫力等。EM菌广泛应用于水产养殖和农业，以提高生产效率和环境的可持续性。

光合菌：

光合菌（简称PSB）能够降解水体中的亚硝酸盐、硫化物等有毒物质，实现充当饵料、净化水质、预防疾病、作为饲料添加剂等功能。光合菌可以利用光进行光合作用但是不产氧，适应水温是15-40°C，最适宜的水温是28-36°C。

硝化细菌：

硝化细菌是有效降低氨氮和亚硝酸盐的自养型菌种，主要作用就是有效降低水体中的氨氮和亚硝酸盐。

乳酸菌：

乳酸菌可以拌料内服也可外泼，内服可以在肠粘膜表面定植占位，修复肠道菌群屏障，调节肠道菌群平衡；分泌乳酸和消化酶，增强机体的营养代谢，促进营养物质的消化吸收；促进免疫细胞增殖，激活机体免疫应答，提高机体的抗病能力。外泼可以分解剩料、粪便等有机质，降解氨氮等有害物质，降低水体pH，改善水体环境。

蛭弧菌：

蛭弧菌主要用来净化水体，减少水体致病微生物数量，降低鱼虾蟹染病率和控制病害的发生，同时，在虾蟹幼体开食阶段，蛭弧菌可以在虾蟹肠壁附着，起到屏障作用，促进摄食和生长。

这些菌类在水产养殖中各有其独特的作用，可以根据具体养殖需求选择合适的菌种进行使用。例如，在水质改善、疾病预防和控制、促进生长等方面，这些菌类可以单独使用，也可以组合使用，以达到最佳效果。