养殖鸡最怕的病毒病菌包括：

禽流感：

这是一种由禽流感病毒引起的严重传染病，分为高致病性禽流感和低致病性禽流感。高致病性禽流感发病率和死亡率极高，可能达到100%，给养鸡业带来巨大的经济损失。

新城疫：

又称鸡瘟，由新城疫病毒引起，是一种严重的传染病。所有品种和年龄的鸡都可能感染，潜伏期短，病症分急性和慢性，表现为高热、呼吸困难、昏睡、呼吸道症状和神经异常等。

传染性法氏囊病（IBD）：

由传染性法氏囊病毒引起，病鸡的粪便含有大量病毒，可通过水源和用具传染给其他鸡。主要症状包括腹泻和极度虚弱，可能导致严重的免疫抑制。

马立克氏病：

由马立克病毒引起，是养鸡业常见的淋巴组织增生性传染病。病鸡表现出神经型、内脏型和皮肤型等不同临床症状，传播迅速，感染率高。

传染性支气管炎（IB）：

由冠状病毒引起，主要影响鸡的呼吸道，常见症状有呼吸困难、咳嗽和喷嚏。此病传染性强，且血清型多样。

球虫病：

由球虫引起，寄生在鸡的肠道中，通常表现为脱水和食欲下降等症状。球虫病严重影响鸡的生产性能和肉质。

大肠杆菌病：

由致病性大肠杆菌引起，有多种血清型，表现形式多样，包括脐炎、卵黄感染、气囊炎、败血症型、关节炎、关节滑膜炎、卵黄性腹膜炎、输卵管炎、大肠杆菌肉芽肿等。此病可以通过水平传播、呼吸道传播、消化道传播和垂直传播。

鸡白痢沙门氏菌 和 鸡伤寒沙门氏菌：

这些沙门氏菌主要侵害雏鸡，引起雏鸡的病死率增加，中雏鸡和成鸡则表现为慢性和隐性感染。

金黄色葡萄球菌：

这是一种条件致病菌，广泛存在于土壤、饲料、饮水和鸡的羽毛、皮肤、粘膜、肠道中，影响孵化率和健雏率。

鸡流H9：

这是一种由禽流感病毒H9亚型引起的呼吸道疾病，尤其在秋、冬、春季节发病普遍。

建议养鸡场采取严格的生物安全措施，定期消毒，防止病源微生物的传播，并加强饲养管理，提高鸡群的免疫力，以减少这些病毒病菌带来的损失。