基围虾养殖亏本的原因是多方面的，主要包括以下几点：

虾苗选择不当

选择携带病毒细菌的虾苗或运输过程中受应激的虾苗，会导致虾生长缓慢、抵抗力弱，容易引发疾病，甚至排塘。

水质管理不善

对虾对环境变化敏感，尤其是秋冬季节，天气不稳定，如大风、下雨等会导致水质变化大，管理不善会引发虾长期应激反应，抵抗力下降，感染疾病。

饲料喂养不当

饲料质量差、投喂量不科学、饲料利用率低等因素会导致虾只生长缓慢，增加养殖成本。

疾病与疫情频发

虾类疾病种类繁多，如白斑综合症、黄头病、肝胰腺坏死病等，疾病爆发会迅速蔓延，导致大量虾只死亡，尤其是在高密度养殖环境下，疾病传播速度更快，防控难度更大。

养殖技术与管理水平参差不齐

许多养殖户缺乏科学养殖知识，盲目追求高密度养殖，导致水质恶化、饲料利用率低、虾只生长缓慢等问题。管理不善，如投喂过量、换水不及时等，也会引发虾只疾病。

市场波动与价格波动

市场需求与价格波动较大，养殖户的经营风险增加。市场供过于求时，虾价暴跌，养殖户面临亏损。国际市场的变化、政策调整等因素也会对虾价产生影响，增加不确定性。

自然灾害与环境污染

自然灾害如台风、暴雨、干旱等会对养虾业造成严重影响，破坏养殖环境，影响水质。环境污染也是养虾业面临的一大挑战。

清塘不彻底

如果池塘底部的淤泥厚度过高，未经彻底消毒，会导致氨氮、亚硝酸盐等有毒有害物质超标，虾苗放养后摄食不正常，生长缓慢，疾病频发，最终导致亏损。

池塘条件较差

池塘埂保水防洪能力差、塘底不平、水源不理想等因素会影响虾的生长，增加养殖难度和成本。

苗种来路不正宗

从不规范的苗种场购买未经检疫的虾苗，可能带入病毒，导致虾病暴发，药物治疗效果不佳，最终亏损。

综上所述，基围虾养殖亏本的原因主要包括虾苗选择、水质管理、饲料喂养、疾病防控、养殖技术与管理、市场波动、自然灾害、环境污染等多个方面。要避免亏损，养殖户需要从这些方面入手，提高养殖技术和管理水平，选择优质的种苗和饲料，加强疾病防控，并密切关注市场动态，以降低经营风险。