养殖污水中主要含有以下几类菌种：
细菌：
细菌是养殖污水中最主要的微生物种类，包括自养菌和异养菌两大类。自养菌利用无机物为碳源，而异养菌则以有机碳为碳源。在污水处理中，异养菌占主导地位。
真菌：
真菌包括霉菌和酵母菌，是好氧菌，以有机物为碳源。真菌在低pH值和低氧环境中生长较好，对活性污泥的凝聚起到骨架作用，但过多丝状菌的出现会影响污泥的沉淀性能。
原生动物：
原生动物是最低等的单细胞动物，既可以作为水质净化者，也可以作为水质指示物。绝大多数原生动物属于好氧异养型。
硝化菌：
硝化菌能够将废水中的氨氮转化为硝酸盐，在养殖废水处理中起到关键作用，可以有效降低氨氮浓度。
反硝化菌：
反硝化菌在缺氧条件下将硝酸盐还原为氮气，进一步减少氮的含量，通常与硝化菌配合使用，实现深度脱氮处理。
COD降解菌：
这些菌种能够有效分解废水中的有机物，降低COD值，提升废水处理效果。
厌氧菌：
厌氧菌在缺氧环境下可以降解复杂有机物，适用于处理养殖废水中难降解的有机物，通过厌氧消化等过程减少有机污染物。
脱氮菌：
专门用于去除废水中的氮化合物，包括氨氮和硝酸盐，减少氮的总负荷。
这些菌种在污水处理过程中各司其职，通过不同的代谢途径，共同去除废水中的有机物、氮、磷等污染物，达到净化水质的目的。建议在实际应用中，根据具体的养殖污水特点和处理需求，选择合适的菌种组合和优化处理工艺，以实现最佳的处理效果。
