养殖废水中磷含量高的主要原因包括以下几个方面：

农业污染：

农业生产中使用的化肥和农药中含有大量的磷，如果过量使用或者施用方法不当，就会导致磷进入土壤和水体，造成水体总磷超标。此外，畜禽养殖业也是一个重要的磷污染源，畜禽排泄物中含有大量的磷，如果没有适当的处理，这些磷就会进入水体。

工业污染：

许多工业生产过程中会产生大量的含磷废水，如果处理不当，就会导致这些废水直接排入河流湖泊，使得水体中的总磷含量急剧增加。例如，化肥生产、冶金、化工等行业都是重要的磷污染源。

生活污水：

城市生活污水中含有大量的有机物和磷，如果污水处理设施不完善或者运行不当，就会导致这部分磷进入水体。

自然因素：

地质活动、火山爆发等自然现象也可能导致水体中的磷含量增加。

处理设施问题：

污水处理设施不完善或运行不当，如溶解氧不足、污泥负荷过大、污泥龄过长等，也会影响磷的去除效果，导致总磷超标。

进水总磷过高：

进水总磷过高也是导致污水磷超标的主要原因之一，这通常是由于进水不稳定所导致。

其他因素：

水温过低、水中溶解氧不够、废水中某种指标（如氨氮、COD、重金属）浓度过高等因素也会影响磷的降解，从而导致总磷超标。

综上所述，养殖废水中磷含量高主要是由于农业污染、工业污染、生活污水、自然因素以及处理设施问题等多方面原因共同作用的结果。为了有效控制养殖废水中的磷含量，需要从多个方面入手，包括合理使用化肥和农药、加强工业废水处理、完善生活污水处理设施、减少自然因素的影响，以及优化污水处理工艺等。