在养殖水体改底时，可以使用以下几种菌：

光合细菌：

光合细菌能够利用光能将无机物转化为有机物，同时还能净化水体，减少有机物的积累，改善底质环境。

枯草芽孢杆菌：

枯草芽孢杆菌能够分解水体中的大分子有机质为小分子有机质，有助于提高水体中的溶解氧含量，改善底质环境。

乳酸菌：

乳酸菌是一种厌氧型微生物，能够在不耗氧的情况下分解底部的有机物，减少有害物质的产生，适合在增氧条件不佳的池塘使用。

酵母菌：

酵母菌能够分解有机物，促进营养物质的循环，改善水质和底质环境。

硝化细菌：

硝化细菌能够将氨氮转化为亚硝酸盐，再转化为硝酸盐，从而降低水中的氨氮含量，改善水质。

EM菌（有效微生物制剂）：

EM菌含有多种有益微生物，能够迅速分解池塘底部的有机物质，如残饵、粪便等，有效减少氨氮、硫化物的含量，同时抑制有害菌的生长，促进有益微生物的繁殖。

酵素菌：

酵素菌能够加速有机物的分解，促进池塘底部的有机物质循环，改善底质环境。

建议

选择合适的菌种：根据池塘的具体条件（如增氧条件、底质情况等）选择合适的菌种进行改底。

混合使用：可以混合使用多种菌种，以达到更好的改底效果。例如，可以同时使用光合细菌、枯草芽孢杆菌和乳酸菌，以充分利用它们的优势。

适量使用：根据池塘的大小和有机物的积累情况，适量使用菌剂，避免过量使用导致水体缺氧。

定期使用：改底是一个持续的过程，建议定期进行，以保持水体环境的稳定和健康。

通过以上方法，可以有效改善养殖水体的底质环境，促进养殖生物的健康生长。