在水产养殖中，常用的杀菌菌种包括光合细菌、芽孢杆菌、EM菌、乳酸菌、酵母菌和蛭弧菌。具体使用哪种菌种杀菌效果较好，需要根据养殖环境和需求进行选择：

光合细菌

光合细菌可以净化水质，分解小分子有机物，降解氨氮及亚硝酸盐，以菌抑制有害藻类的生长。它们还可以提高对虾的免疫能力，改善水体的透明度，促进浮游植物的光合作用，并抑制有害病菌的生长和繁殖。

芽孢杆菌

芽孢杆菌主要作用是分解水体中的大分子有机质，如残饵和粪便，从而改善水质。枯草芽孢杆菌是其中效果较好的一种，它还可以分泌淀粉酶、蛋白酶和脂肪酶等胞外酶，具有耐高温和抗应激性。

EM菌

EM菌（有效微生物群）能渗入水体后，抑制病原微生物和有害物质，促进浮游生物的大量繁殖和提高水中溶氧量，保持养殖水体的生态平衡，净化养殖池塘中的排泄物和残饵，改善水质和底质。

乳酸菌

乳酸菌可以形成肠道保护层，阻止病原菌和病毒的侵袭，刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，促进胃液分泌，增强消化功能。它们还可以降低水体pH值，抑制有害菌的生长，改善水质和肠道环境。

酵母菌

酵母菌添加到食物中能黏附在肠道中，刺激鱼虾体内淀粉酶和刷状缘膜酶的分泌，从而提高动物对食物的利用率。它们可以在消化道内大量繁殖，成为优势种群，抑制有害菌的生长。

蛭弧菌

蛭弧菌是一种寄生于细菌的细菌，能迅速钻入寄主细胞内，利用寄主的营养生长和繁殖，最后导致寄主菌裂解。它对多种革兰氏阴性菌具有选择性杀菌作用，可以净化水体，减少水体致病微生物数量，降低鱼虾蟹染病率和控制病害的发生。

建议

在实际应用中，可以根据养殖水体的水质状况、养殖对象的健康状况以及具体需求，选择一种或多种菌种进行使用。例如，在水质较差、有害菌多的情况下，可以综合运用光合细菌、芽孢杆菌和EM菌；在提高免疫力和促进生长方面，可以搭配使用酵母菌和乳酸菌。同时，使用这些菌种时，应注意用量和用法，确保充分发挥其杀菌和净水效果。