蛋鸡养殖企业主要需要缴纳的税种包括：

环保税

环保税的征收标准是养殖规模存栏超过5000只。

每吨固体废物（含半固体、液态废物）的税额为25元，每30羽家禽为一个水污染物污染当量。

具体计算方式为每只鸡每日产生100克鲜鸡粪，每月因鸡粪应缴的税为100×30×10000÷10^6×25=750元，一年下来则为1683元×12=19836元。

企业所得税

根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十六条规定，企业从事牲畜、家禽的饲养项目所得免征企业所得税。

但规模化养殖场如果有排污口，则需要交环保税。

其他税种

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税，因此鸡蛋作为自产农产品不需要缴纳增值税。

农业生产者销售自产农产品免征增值税，同时增值税的附加税（如城建税、教育费附加）也不征收。

如果养殖场占用耕地，则需要缴纳耕地占用税，这是一次性缴纳的。

养殖场还需要缴纳个人所得税。

如果有进出口货物，还需要交关税。

建议

环保税：由于环保税是根据养殖规模和废物排放量来计算的，建议养殖企业做好废物处理工作，以减少税负。

企业所得税：虽然饲养项目本身免征企业所得税，但规模化养殖场如果有排污口，则需要按规定缴纳环保税，这可能会影响企业的税负。

其他税种：建议养殖企业了解并合理利用相关税收优惠政策，如增值税免征、耕地占用税一次性缴纳等，以降低整体税负。同时，也要注意其他可能的税种如个人所得税和关税等。