在养殖蛋白虫的过程中，可以使用以下几种药物进行治疗：

肠虫清：

这是一种常用的药物，可以有效杀死蛋白虫及其虫卵。使用时应严格按照说明书上的用量，以免对鱼造成影响。

敌百虫：

敌百虫也是一种有效的药物，可以用于治理蛋白虫。同样需要按照说明书上的用量使用。

高锰酸钾：

高锰酸钾可以用于消毒鱼缸和过滤设备，有助于消除蛋白虫。使用高锰酸钾时，应将其溶解在水中，并对鱼缸进行彻底消毒。

黄药：

黄药可以用于药浴，将鱼捞出后放入含有黄药的水中，并进行爆氧，温度保持在30-32℃左右，可以有效杀死蛋白虫。

孔雀鱼、玛丽鱼等观赏鱼：

这些鱼类可以食用蛋白虫，放入这些鱼到鱼缸中可以帮助减少蛋白虫的数量。

硫酸铜溶液：

对水草泥底部有蛋白虫分布的地方进行喷射，注意第二天要进行三分之一换水处理。

白点净：

这是一种专门用于治疗白点病的药物，但对蛋白虫也有一定的灭杀作用，使用时应严格按照使用说明用量。

戊二醛：

戊二醛主要用于草缸除藻，对蛋白虫也有一定的灭杀作用，但需要针管注射到泥里或沙里，操作较为麻烦。

甲基蓝：

甲基蓝比较温和，对鱼基本没有什么影响，有推荐使用。

建议

选择药物：根据蛋白虫的严重程度和鱼缸的具体情况选择合适的药物。如果不确定使用哪种药物，可以先尝试使用少量，观察鱼的反应。

严格用量：无论使用哪种药物，都应严格按照说明书上的用量进行，避免过量使用导致对鱼造成损害。

消毒彻底：在使用药物的同时，应对鱼缸进行彻底的消毒，包括过滤设备和鱼缸本身。

观察反应：在用药期间，应密切观察鱼的行为和反应，如有异常应及时采取措施。

通过以上方法，可以有效地控制和消除养殖蛋白虫的问题。