申请办理养殖小区需要遵循以下步骤：
提出申请
首先，需要向当地的畜牧局或农业局提出申请，具体申请流程和要求因地区而异。
土地使用申报
到国土部门进行土地使用申报，并涉及其他新建建筑的审批。
确定合适的土地，该土地要符合土地利用总体规划且不能是基本农田。
环保和防疫手续
到环保局办理环评手续，确保排污合格。
在畜牧局办理动物防疫条件合格证。
规划审批
养殖场设计好建设图纸后，需到规划局审核。
乡镇政府或农业部门会对养殖用地进行实地勘察，并出具同意养殖项目的批复意见和适养区证明。
备案和登记注册
提交养殖小区备案和畜禽标识代码申领申请表、营业执照、《动物防疫条件合格证》和申请人身份证明等材料进行备案。
经审查符合法定条件、标准的，依法作出准予登记的书面决定，并颁发《畜禽标识代码证》。
其他手续
根据当地政策要求，可能还需要办理其他相关手续，如立案备案手续、环保手续和动物防疫条件合格证等。
缴纳相关费用
可能需要缴纳一笔复耕保证金或其他相关费用。
领取营业执照
在所有手续办齐后，到工商部门申请办理登记注册手续，领取营业执照。
建议在申请过程中与当地相关部门保持密切沟通，确保所有手续和材料符合要求，以顺利办理养殖小区的合法手续。
