在淡水养殖中去除蛋白质的方法有以下几种：

使用药物

中美史克肠虫清：适用于1米缸，放一片或一片半（或200L水），手捏住放在缸的出水口处让自然溶解成细小颗粒流入水中。次日，蛋白虫应该全消灭了，剩下的2-5天里，每天换水1/4或1/5来稀释药力。

蛋白酶：可以加热、加酸使蛋白质变性沉淀，也可以盐析。使用淀粉可以去除蛋白质的水分，同时还可以保护蛋白质。

白点净、 戊二醛、 铜丝、 甲基蓝：这些药物也有去除蛋白虫的作用，但具体用量和使用方法需严格按照使用说明，避免对鱼造成影响。

生物治理

放入观赏鱼：缸里放入孔雀鱼、玛丽鱼、红绿灯、玫瑰扯旗、红鼻剪刀、曼龙鱼、鳑鲏、苦力鳅等，这些鱼能有效去除蛋白虫，但水草泥或底砂里可能会有残留。

增强过滤系统

清洗消毒过滤系统：蛋白虫一般都是过滤系统不足引起的，为了避免这种情况，要经常给过滤系统清洗消毒，确保过滤系统里面清洁。

合理选择蛋白质源

合理配比动植物性蛋白：通过在饲料配方中合理搭配动物性和植物性蛋白源，可以降低粗蛋白含量而不影响动物的生长性能。选用优质和消化吸收率高的蛋白原料，如低温蒸汽干燥鱼粉、新鲜度好的全鸡肉粉、酶解的动物蛋白和发酵类的植物蛋白等。

精确氨基酸配比

根据水产动物需求配比氨基酸：尤其是必需氨基酸，避免氨基酸过量而导致粗蛋白过高的情况。

添加功能性添加剂

胆汁酸：能提高脂肪酶活性，促进脂肪及脂溶性维生素吸收利用，调节水产养殖动物的肝脏状态，同时提高蛋白酶活性，促进饲料中蛋白质的消化吸收，从而节约蛋白，减少粗蛋白浪费。

建议根据具体情况选择合适的方法，既可以有效去除蛋白质，又能保证养殖动物的健康。