养殖企业在缴纳税款时需要遵循以下规定和流程：

企业所得税

一般规定：养殖场需要缴纳企业所得税。根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》，养殖场的企业所得税是减半征收的。

规模化养殖：如果是规模化养殖场且有排污口，需要交环保税；不直接向环境排污的，不需要缴纳环保税。

废弃物处理：规模化养殖场产生的养殖废弃物在符合国家和地方环境保护标准的设施、场所贮存，并采取粪肥还田、制取沼气、制造有机肥等方式进行综合利用和无害化处理的，予以免税。

环保税

一般规定：养殖场需要根据《中华人民共和国环境保护税法》缴纳环保税，具体税额根据污染物的种类和数量计算。

免税情况：如果养殖场不直接向环境排污，则不需要缴纳环保税。

增值税

自产农产品：农业生产者销售的自产农产品免征增值税。这包括生猪、活禽、鸡蛋等。

深加工产品：深加工的产品（如猪肉脯）不属于农业产品范围，需要缴纳增值税。

增值税申报：养殖企业在购买和销售牲口时需要缴纳增值税，并且需要将应纳增值税和销项税额分别列入会计科目，在按月或按季度进行的增值税申报时缴纳。

耕地占用税

一般规定：如果养殖场占用耕地，需要一次性缴纳耕地占用税。

其他税种

流转税：种植业和养殖业不需要缴纳流转税（如增值税、营业税、消费税等）。

个人所得税：如果养殖公司所售牲口的销售额中包含个人的代售款项，代售所得还需交纳个人所得税。

建议

合规经营：养殖场应确保所有业务活动符合相关环保和税务法规，避免因违规操作而产生额外费用。

税务筹划：合理规划养殖场的业务模式，充分利用税收优惠政策，如将免税产品与应税产品分开核算，以减少税务负担。

定期申报：按时进行税务申报，确保所有应纳税款及时缴纳，避免因延迟申报而产生罚款或其他法律后果。

咨询专业：在处理复杂的税务问题时，建议咨询专业的税务顾问或会计师事务所，以确保合规性和准确性。