农村养殖用地的申请流程如下：

了解政策与规划

向当地的国土部门、农业部门或乡镇政府了解所在区域的养殖规划、禁养区、限养区等相关信息，确保所选地址符合规定。一般来说，养殖场不能建在基本农田保护区、饮用水源保护区、村庄等人口密集区域附近以及法律法规禁止养殖的区域。

初步选址

根据了解到的信息，选择合适的土地作为养殖场的建设地点。尽量选择地势较高、排水良好、通风透气、远离居民区且交通相对便利的地方，同时要考虑水、电等基础设施的接入条件。

办理土地流转合同

如果所选土地不是自己的承包地，需要与土地所有者（一般是村集体）签订土地流转合同，明确土地的使用期限、用途、租金等事项。

申请设施农用地备案

向乡镇政府的相关部门提交设施农用地备案申请，同时提供土地流转合同、养殖场的建设方案（包括平面图、布局图等）等材料。乡镇政府会对申请进行审核，审核通过后报县级国土部门备案。

办理农业用地转建设用地审批（如有必要）

如果养殖场建设需要建设永久性建筑，如办公用房、饲料仓库等，且占用的土地属于非设施农用地范畴，那么需要办理农业用地转建设用地的审批手续，并缴纳相应的使用费和造地费。

环境影响评价（环评手续）

到当地的环保部门咨询养殖场项目的环评要求，并领取建设项目环境保护审批咨询表。按照要求填写咨询表，并准备好养殖场的建设方案、地理位置图、周边环境情况等相关材料，一并提交给环保部门。

提交用地申请

计划养殖者需持设施农用地建设方案及用地协议向所在地乡镇政府提出用地申请。乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府报区政府审批。经区政府批准后，计划养殖者方可建设生产设施用地，而后经国土部门会同相关部门初验符合设计要求的，国土部门向经营者颁发设施农用地备案通知书，计划养殖者方准建设附属设施用地。

占用耕地的申请

如果在农村搞养殖需要占用耕地，应先向乡镇政府或县级自然资源部门提交申请，准备好养殖计划和环保措施等材料，证明项目符合当地发展战略和环保要求。

办理养殖备案手续

个人提出项目建设书面申请，经镇人民政府同意后，由畜牧主管部门办理项目备案手续，经审核同意的予以项目备案。主管部门出具的项目备案表。

签订土地复耕协议

养殖用地申请经国土所现场测量后，出具地类、规划等证明，签订土地复耕协议，报国土局审查备案。

建议：

在申请过程中，确保所有材料齐全、真实有效，并提前了解当地的具体政策和要求，以提高申请的成功率。

如果涉及到占用耕地，务必了解并遵守《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，确保合法合规。