在养殖发酵床上进行消毒的方法有多种，以下是一些常用的消毒方式：

彻底翻动垫料并消毒

当动物生病或腹泻导致垫料污染有害病菌时，必须进行彻底消毒。可以在翻动垫料的同时进行消毒，确保消毒彻底。

选择合适的消毒剂

发酵床养殖中可以使用的消毒剂包括复合醛、新洁尔灭、来苏尔、氯甲酚溶液（菌球杀）、次氯酸、碘消毒剂、石碳酸、复合酚、氯甲酚溶液、癸甲溴铵溶液（百毒杀）、辛氨乙甘酸溶液（菌毒清）、过氧乙酸（过醋酸）、过氧化氢溶液（双氧水）、福尔马林（甲醛溶液）、戊二醛、高锰酸钾溶液等。选择消毒剂时，尽量选择偏酸性消毒剂，因为这些消毒剂对垫料表面的复合菌群有抑杀作用，但药效过后，中下层的菌群会恢复平衡。

接触式发酵床的定期驱虫

对于接触式发酵床，需要定期进行驱虫，建议采用四加一驱虫模式，即种猪群一年驱虫四次，确保动物健康。

喷雾消毒

喷洒消毒是猪场常用的消毒方法，适用于带猪消毒和日常生产预防消毒。将配制好的消毒液直接喷洒到猪舍内或猪只身上。

熏蒸消毒

熏蒸消毒常用于猪舍空栏或临近补栏时，通过放入能产生烟雾的消毒剂，关闭门窗进行消毒。这种方法安全无害，但不能带猪消毒。

垫料堆积消毒

将发酵床垫料堆成1米高，上面笼罩麻袋片，以保温迅速发酵。自然发酵7~10天，深翻垫料一次，再积累发酵3~5天，当垫料中层温度达40~50℃时，将垫料展平，进行消毒。这种方法利用发酵床内部产生的热量来消毒，效果显著。

紫外线灯消毒

紫外线灯消毒适用于发酵床的表层消毒，特别是在疫情防控时，可以有效地杀灭病菌。

石灰水消毒

猪舍地面、墙壁和饲槽可以用5%的石灰水进行消毒，避免排出的虫体和虫卵再次感染。

在选择消毒方法时，需要根据发酵床的具体情况（如湿度、垫料类型等）和实际需求（如是否带猪消毒）来选择合适的消毒剂和方法。消毒后，应等待一段时间（如2天）再补充菌群，以确保发酵床的正常运行和动物的健康。