在菌类养殖中，灭菌是非常重要的一环，可以采用以下几种方法：

干热灭菌

将玻璃用具、培养皿、吸管等灭菌材料用报纸包好后，放入烘箱中。

将温度逐渐升至150-160℃，保持2小时后关闭电源，使灭菌材料缓慢冷却。

湿热灭菌

常压法：利用蒸汽锅或普通锅进行蒸煮，温度达到100℃需要4-6小时，温度不超过100℃时，根据灭菌量的多少，一般保持在8-24小时。常压灭菌还有间歇灭菌法，即将培养基蒸三次，每次一小时，蒸后放入温箱中24小时，待芽胞萌发后再蒸第二次，再蒸第三次，以达到彻底灭菌的目的。

高压法：利用高压蒸汽杀菌锅进行灭菌，压力0.56公斤/厘米²时，温度为112.6℃；压力1公斤/厘米²时，温度可达120-121℃。高压灭菌通常在120℃保持20分钟或115℃保持30分钟即可达到灭菌目的。

火焰灭菌

使用火焰直接烧灼灭菌，适用于玻璃器皿等。

紫外线消毒

利用紫外线灯照射，波长为200-300nm，尤其波长250-270nm时杀菌作用最强。适用于空气和物体表面消毒，如接种室、接种箱、接种帐、超净工作台、培养室等。

臭氧消毒

利用臭氧发生器将空气中的氧气转换成高浓度臭氧，依靠臭氧的氧化作用杀菌。适用于空间消毒，使用时应关闭门窗，人员离开现场，消毒结束后20-30分钟再进入。

化学消毒

使用化学药物如甲醛、过氧化氢等进行熏蒸、喷雾或擦拭消毒。例如，使用3%奥克泰士溶液均匀喷洒，可以达到彻底杀孢子剂的效果。

其他方法

在进房前对菇房进行硫磺熏蒸或使用诺福牌过氧化氢消毒液进行干雾消毒。进房后还需对培养料进行严格的熏蒸消毒，防止带入病菌和虫害。

在选择灭菌方法时，应根据具体的养殖环境和需求选择最合适的方法。例如，在实验室环境中，紫外线和臭氧消毒可能更为常用；而在规模化生产中，高压灭菌和常压灭菌可能更为适用。无论采用哪种方法，都应确保灭菌彻底，避免微生物污染。