养殖微型企业申请流程如下：
准备申请材料
经营者签署的《个体工商户开业登记申请书》。
经营者的身份证复印件（正反面复印件）。
经营场所使用证明，如自有场所的产权证明复印件。
撰写一份《养殖场可行性报告》。
申请土地规划许可证
到国土局申请《土地规划许可证》。
办理营业执照
个人经营者凭身份证到工商局申请办理《营业执照》。
办理动物防疫条件合格与环保证明
到检验检疫局办理《动物防疫条件合格与环保证明》。
建立财务制度并办理税务登记证
根据《农业部基本建设财务管理办法》和《农业基本建设管理办法》建立完善的财务制度。
再持《营业执照》及《财务制度》到税务局办理《税务登记证》。
申请建设施工许可证
持《土地规划许可证》、《营业执照》、《动物防疫条件合格与环保证明》、《税务登记证》等到建设局申请《建设施工许可证》。
验收与建造
在以上证件办好之后，按预定规划建造养殖场及附属房屋。
建好后还需报建设局和检验检疫局进行验收。
建议：
具体申请流程可能因地区而异，建议提前咨询当地畜牧局、农业局、工商局、国土局、检验检疫局、税务局和建设局等相关部门，获取详细的申请指南和所需材料。
养殖业的营业执照办理涉及多个部门，建议按照上述流程逐步办理，确保每一步都符合法规要求，避免因资料不全或不符合要求而延误办理进度。
