渔业非法养殖的处罚措施主要包括以下几种情形：

擅自使用天然苗种进行养殖生产

由渔业行政主管部门责令限期改正，给予警告，没收渔业苗种和水产品，并处以1000元以上2万元以下的罚款。

无兽药生产许可证、兽药经营许可证生产、经营渔用兽药

由兽医行政管理部门责令其停止生产、经营，没收用于违法生产的原料、辅料、包装材料及生产、经营的渔用兽药和违法所得，并处以违法生产、经营的渔用兽药货值金额2倍以上5倍以下的罚款；货值金额无法查证核实的，处以10万元以上20万元以下罚款；无兽药生产许可证生产渔用兽药，情节严重的，没收其生产设备。生产、经营假、劣渔用兽药，情节严重的，由原许可机关吊销其兽药生产许可证、兽药经营许可证；构成犯罪的，依法追究刑事责任；给他人造成损失的，依法承担赔偿责任。生产、经营企业的主要负责人和直接负责的主管人员终身不得从事渔用兽药的生产、经营活动。

使用外来物种、杂交种、转基因种和经检验检疫不合格的亲本或者苗种用于渔业增殖

处以2000元以上3万元以下的罚款。

擅自将用于养殖的渔业亲本、苗种或者成体投放到自然水域

处以2000元以上1万元以下的罚款。

擅自采捕或者销售有毒赤潮发生区域内水产品的

处以2000元以上1万元以下的罚款。

使用有毒、有害或者其他可能污染水域环境的材料建设人工鱼礁

由渔业行政主管部门责令限期改正，给予警告，处以5000元以上3万元以下的罚款。

渔业行政主管部门及其他有关部门的工作人员在渔业养殖与增殖监督管理工作中玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊

由其所在单位或者上级主管部门给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

此外，对于渔业违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果的，不予处罚。初次实施渔业违法行为且危害后果轻微并及时改正的，可以不予处罚。当事人有证据足以证明没有主观过错的，不予行政处罚。对当事人的违法行为依法不予行政处罚的，应当对当事人进行教育。

建议在具体案件中，结合违法行为的性质、情节及后果等因素，依法适用相应的处罚措施。