网箱养殖的清理方法包括以下几种：
人工清洗
适用于零星分布的网箱，每隔5天左右将网衣提起，用扫把、树枝、毛刷等工具进行洗刷和拍打，或直接将网衣浸入水中清洗。当附着物过多时，可用韧性较强的竹片抽打，使其抖落。操作时要细心，防止伤鱼或破网。
阳光曝晒
将网体的一半露出水面，置于烈日下曝晒。在气温37~38℃时，约晒网55分钟；在气温30~31℃时，曝晒85分钟即可将网箱上附着的丝状藻类等生物晒死。然后转换晒另一半箱体，或将附着物较多的网箱换下后放在阳光下曝晒，晒死附着生物后再拍打清除。但聚乙烯网衣经常曝晒易老化，不宜常晒。
生物清除
利用鲴鱼、罗非鱼等鱼类喜刮食附生藻类的习性，在网箱内适当投放这些鱼类，让它们刮食网箱上附着的生物，使网衣保持清洁，水流畅通。这种方法不仅省工、省钱，还能增加单位面积的鱼产量。
沉箱法
将封闭式的网箱沉入水下3-5米深处，使藻类在弱光环境中因光合作用不足而死亡脱落。但此法会影响投饵和管理，对鱼的生长不利，因此使用要因地制宜，权衡利弊。
机械清洗
使用喷水枪、潜水泵等高压水枪冲洗网箱，适用于大面积作业。需要把网箱一边吊起，用高压水枪冲洗，将上面的杂物冲洗掉。目前空化射流清洗是有效的水下清洗技术，用于网箱清洗也非常适用。
震动清除
对于网目上滋生的悬浮性有机附着物，可以用扫帚或柳条等用力拍击网衣，将附着物拍掉。也可提起网衣，用手搓揉并在水中摆动，注意动作要轻，以免损坏网衣。
药物清除
将网箱各部分的网片轮流露出水面，洒上石灰水或草木灰，使附着生物得不到阳光而死亡。用0.7-1.0ppm浓度的硫酸铜溶液洒在网片上，对杀灭丝状藻类有一定效果。但这种方法最好少用，以免对鱼造成不良影响。
增大网目法
适当增大网目，能够增强网箱的滤水量，减少网孔的堵塞现象。定期将网具上提曝晒，可将网目上的附着生物晒死。如网箱是封闭式或浮式网箱，则可将网箱沉入水下1米，也有利于疏通堵塞的网目。
这些方法各有优缺点，可以根据实际情况选择适合的方法进行清洗。例如，对于零星分布的小网箱，人工清洗和阳光曝晒可能更为合适；而对于大面积作业的大网箱，机械清洗和空化射流水下清洗可能更加高效。
