无证黄羊养殖的处理方式主要依据《中华人民共和国野生动物保护法》、《中华人民共和国渔业法》、《中华人民共和国土地管理法》以及相关的动物防疫和检疫法规。以下是具体的处理措施：

责令停止违法行为 ：无证养殖场首先会被责令停止违法行为，要求立即停止相关的养殖活动。

没收违法所得：

对于无证养殖场的违法所得，将会被没收，以消除违法行为带来的不当利益。

罚款

在法律、行政法规对无照经营处罚没有明确规定的情况下，工商行政管理部门可以处以1万元以下的罚款。

根据《无证无照经营查处办法》，工商部门将依照相关法律、行政法规进行处罚，确保市场秩序和公共利益的维护。

对于未依法取得养殖证而擅自从事养殖生产的，可以责令改正，补办养殖证或者限期拆除养殖设施，并可能处以一万元以下的罚款。

追究刑事责任：

如果无证养殖行为触犯了刑律，如非法经营罪等，将依法追究刑事责任。

补偿情况

对于无证养殖场的补偿情况较为复杂，一般而言，无证养殖在法律上存在一定瑕疵，但如果养殖行为符合当地的相关政策，且并非恶意违法，仍可能获得一定补偿。补偿标准通常会考虑养殖设施的实际价值、养殖的畜禽数量和种类等因素。

如果是在明确禁止养殖的区域进行无证养殖，可能无法获得补偿，甚至还可能面临处罚。

动物防疫条件合格证：

开办动物饲养场需取得动物防疫条件合格证，未取得动物防疫条件合格证的由县级以上农业农村主管部门责令改正，处三千元以上三万元以下罚款；情节严重的，责令停业整顿，并处三万元以上十万元以下罚款。

建议

合法化：尽快补办相关的养殖证件，确保养殖活动合法化。

合规经营：在养殖过程中，严格遵守相关法律法规，避免触犯法律红线。

证据收集：及时收集能证明养殖事实及投入的相关证据，以便在可能的法律纠纷中争取合理补偿。

通过以上措施，可以尽量减少无证养殖带来的法律风险和经济损失。