畜禽养殖的处罚措施主要包括以下几种情形：
在禁止养殖区域内建设畜禽养殖场、养殖小区
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；
拒不停止违法行为的，处3万元以上10万元以下的罚款，并报县级以上人民政府责令拆除或者关闭。
在饮用水水源保护区建设畜禽养殖场、养殖小区
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；
处10万元以上50万元以下的罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭。
未依法进行环境影响评价
由有权审批该项目环境影响评价文件的环境保护主管部门责令停止建设，限期补办手续；
逾期不补办手续的，处5万元以上20万元以下的罚款。
未建设污染防治配套设施或配套设施不合格
由县级以上人民政府环境保护主管部门责令停止生产或者使用，可以处10万元以下的罚款。
未经无害化处理直接向环境排放畜禽养殖废弃物
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令限期治理，可以处5万元以下的罚款。
未建立养殖档案
由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令限期改正，可以处一万元以下罚款。
其他违法行为
根据《中华人民共和国刑法》第三百三十八条，严重污染环境罪可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
建议畜禽养殖场、养殖小区应严格遵守相关法律法规，加强环保设施建设，确保废弃物无害化处理，避免因违法行为受到处罚。
