违规养殖牲畜的处罚措施主要包括以下几种情形：
在禁止养殖区域内建设畜禽养殖场或养殖小区
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；
拒不停止违法行为的，处3万元以上10万元以下的罚款；
报县级以上人民政府责令拆除或者关闭。
在饮用水水源保护区建设畜禽养殖场或养殖小区
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；
处10万元以上50万元以下的罚款；
报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭。
未依法进行环境影响评价
由有权审批该项目环境影响评价文件的环境保护主管部门责令停止建设，限期补办手续；
逾期不补办手续的，处5万元以上20万元以下的罚款。
未建设污染防治配套设施或自行建设的配套设施不合格
由县级以上人民政府环境保护主管部门责令停止生产或者使用；
可以处10万元以下的罚款。
排放畜禽养殖废弃物不符合国家或地方规定的污染物排放标准或总量控制指标
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令限期治理；
可以处5万元以下的罚款。
未经无害化处理直接向环境排放畜禽养殖废弃物
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令限期治理；
可以处5万元以下的罚款。
饲养家畜家禽影响市容和环境卫生
由城市人民政府市容环境卫生行政主管部门或者其委托的单位，责令其限期处理或者予以没收；
可处以罚款。
擅自饲养家禽家畜影响市容和环境卫生且拒不处理
由城市人民政府市容环境卫生行政主管部门责令限期处理或者予以没收；
轻微违法行为可处以禽类每只5元以上、10元以下罚款，畜类每头50元以上、100元以下罚款；
一般违法行为可处以禽类每只5元以上8元以下罚款，畜类每头50元以上80元以下罚款；
严重违法行为可处以禽类每只8元以上10元以下罚款，畜类每头80元以上100元以下罚款。
未建立养殖档案或未按规定保存养殖档案
由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令限期改正；
可以处一万元以下罚款。
建议养殖者严格遵守相关法律法规，合法合规养殖，以免受到上述处罚。
