水库养殖清塘的最佳方法包括以下步骤：
彻底排干水
冻晒塘时间应在30天以上，直至土壤干燥龟裂。期间最好用旋耕机翻耕一遍，把底泥上下反复冻晒一遍，同时把底肥打下去。对于青苔多发的塘口，在上水前可用“硫酸铜”1斤/亩，或者青苔药物1瓶/亩，化水用喷筒全塘底喷一遍，能有效预防来年青苔的滋生。
药物清塘
晒塘结束后上水20—40公分，化水泼洒“清塘安”10亩/桶，进行彻底的消毒杀菌。一周后，根据养殖的时间规划，可直接栽伊乐草或撒轮叶黑藻芽孢。如果喷洒过硫酸铜的塘口，在栽种伊乐草前应提前撒2斤/亩大苏打进行解毒，防止重金属残留过重造成伊乐草不扎根，轮叶黑藻则不用解毒。
生石灰清塘
生石灰是清塘的首选，它能广泛杀灭杂鱼和害生物，并促进浮游生物的形成。使用时，每亩用量根据水深不同有所区别，保持药物浓度和效果的平衡。生石灰清塘有两种方法：干法清塘和带水清塘。干法清塘是将池水排干或排到水留6~10厘米深，将生石灰分别放入水坑中溶化后泼洒；带水清塘则是直接将生石灰倾倒到池塘中，使用竹箩筐盛装生石灰，由人穿着水裤下塘，端着箩筐在水塘中左右振荡，以保证生石灰在水中充分溶解。
漂白粉清塘
漂白粉清塘的用量为每亩5-15kg，适用于干法或带水清塘。漂白粉清塘的优点是杀菌效果比生石灰强，药力消失快，用药量少，有利于池塘的周转，但缺点是没有使池塘增加肥效的作用。
氨水清塘
一般将池水排干或留水深10cm左右，每亩用氨水10-15kg，可用碳酸氢铵替代，可亩用50-75kg。氨水清塘能够杀灭野杂鱼、致病菌、寄生虫和其他敌害生物。
洗塘
清塘之后，池塘内可能会有清塘药物残留，需要洗塘。洗塘的方法是先进水30到50公分再排出去，再进水，再排水，往返两三次，以清除药物残留。
修塘
很多池塘经过多年的养殖，会有残梗垮塌，需要修整，避免将来造成池塘感染。
进水
进水时最好一步到位，避免在苗期补水，同时进水口要加装大于80目以上的过滤网丝袋，以防止把小鱼打进来。
通过以上步骤，可以有效地进行水库养殖的清塘工作，确保池塘环境干净、无毒，为养殖生物提供一个良好的生长条件。
