处理大棚养殖真菌的方法有以下几种：

高温闷棚

在高温季节（如7月份），可以通过提高大棚内的温度至70-80度，保持一周以上，以杀死真菌。这种方法利用高温来杀灭真菌，效果显著。

使用专用熏剂

可以使用大棚专用无菌熏剂，一亩大棚只需1~2袋，使用方法简单便捷。熏剂可以通过烟熏的方式，有效杀灭真菌。

药剂防治

在发病初期，可以使用45%百菌清烟剂或15%速克灵熏3至4小时，或者喷施50%速克灵1000倍液、50%多霉灵1000倍液，每隔7天交替使用，连续2至3次。

种子消毒

对于种子，可以使用10%磷酸三钠液浸20分钟，流水冲洗40分钟后使用，或者用52℃温水浸种30分钟，晾干后备用。

土壤处理

在播种前，对土壤进行消毒处理，如使用五氯硝基苯与代森锌或福美双的混合药土，或者注入氯化苦溶液后进行密闭处理。

客土栽植

尽量使用无病新土，并对盆土、花盆、种球进行消毒，以减少病菌越冬和传播。

合理施肥

增施腐熟的有机肥料和磷钾肥，提高植株抗病能力，同时控制氮肥用量，防止徒长加重病害。

棚内管理

及时摘除病叶、病花、病果及黄叶，保持棚内干净，通风透光良好。高温闷棚可以抑菌，生长前期及发病后适当控制浇水，适时晚放风，提高棚温至33℃，降低湿度，减少结露。

生物防治

可以利用放线菌、青霉素等微生物来降低真菌病害的发生率。

消毒工具

定期对大棚内的工具进行消毒，防止病害通过工具传播。

这些方法可以根据实际情况结合使用，以达到最佳的防治效果。建议在实际操作中，先进行小范围的试验，确保不会对作物造成伤害，然后再全面推广使用。