养殖企业在申请建房时，需要遵循以下步骤和注意事项：
了解政策与规划
向当地的国土部门、农业部门或乡镇政府了解所在区域的养殖规划、禁养区、限养区等相关信息，确保所选地址符合规定。
选址规划
根据了解到的信息，选择合适的土地作为养殖场的建设地点。尽量选择地势较高、排水良好、通风透气、远离居民区且交通相对便利的地方，同时要考虑水、电等基础设施的接入条件。
办理土地流转合同
如果所选土地不是自己的承包地，需要与土地所有者（一般是村集体）签订土地流转合同，明确土地的使用期限、用途、租金等事项。
申请设施农用地备案
向乡镇政府的相关部门提交设施农用地备案申请，同时提供土地流转合同、养殖场的建设方案（包括平面图、布局图等）等材料。乡镇政府会对申请进行审核，审核通过后报县级国土部门备案。
办理农业用地转建设用地审批
如果养殖场建设需要建设永久性建筑，如办公用房、饲料仓库等，且占用的土地属于非设施农用地范畴，那么需要办理农业用地转建设用地的审批手续，并缴纳相应的使用费和造地费。
办理环评手续
到环保局办理，环保部门会有人员下来考察，只要排污合格的养殖场就可以。
办理规划意见
养殖场设计好建设图纸，然后到规划局审核。
办理立案备案手续
到发改委办理，这个是最好跟村委会的一起去，否则往往都不知道在哪里。
办理动物防疫条件合格证
在畜牧局办理，一般防疫到位的养殖场都可以拿到手。
办理养殖场备案登记手续
到畜牧局办理，这个很简单，登记一下就可以了。
办理生产经营许可证
先让村委会证明，然后到畜牧局，畜牧局审核过后，直接到工商局办理。
办理野生动物驯养繁殖许可证
取得生产经营许可证后，到畜牧局办理检疫证，然后到林业局办理。
注意当地政策差异
由于各地政策差异较大，因此具体的申请条件及流程还需根据当地的相关法律法规来确定。
以上步骤和注意事项仅供参考，具体操作时还需结合当地实际情况进行调整。
