养殖环保不过关的处罚措施主要包括以下几种情形：
一般情况
由县级以上人民政府环境保护主管部门责令改正或者责令限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款。情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。
严重污染环境罪
行为人违规排污严重污染环境，涉嫌污染环境罪的，一般处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
具体违法行为及处罚
未采取有效措施，致使储存的畜禽废渣渗漏、散落、溢流、雨水淋失、散发恶臭气味等对周围环境造成污染和危害的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，限期改正，并处以1000元以上1万元以下的罚款。
向水体倾倒畜禽废渣的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，限期改正，并处以10万元以上一百万元以下的罚款。
将畜禽养殖废弃物用作肥料，超出土地消纳能力，造成环境污染的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令限期治理，可以处5万元以下的罚款。
从事畜禽养殖活动或者畜禽养殖废弃物处理活动，未采取有效措施，导致畜禽养殖废弃物渗出、泄漏的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，限期采取治理措施消除污染，依照《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》的有关规定予以处罚。
畜禽规模养殖未按照国家有关规定收集、贮存、处置畜禽粪便的处罚
由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令限期改正，可以处五万元以下的罚款。
畜禽养殖场、养殖小区未建设污染防治配套设施或配套设施不合格
由县级以上人民政府环境保护主管部门责令停止生产或者使用，可以处10万元以下的罚款。
在禁止养殖区域内建设畜禽养殖场、养殖小区的处罚
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，处3万元以上10万元以下的罚款，并报县级以上人民政府责令拆除或者关闭。
在饮用水水源保护区建设畜禽养殖场、养殖小区的处罚
由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，处10万元以上50万元以下的罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭。
畜禽养殖场、养殖小区依法应当进行环境影响评价而未进行的处罚
由有权审批该项目环境影响评价文件的环境保护主管部门责令停止建设，限期补办手续；逾期不补办手续的，处5万元以上20万元以下的罚款。
建议养殖企业严格遵守国家关于环保的相关规定，加强养殖废弃物的处理和资源化利用，以减少对环境的污染，避免触犯法律并承担相应的法律责任。
