在水产养殖中，使用各种菌种的方法如下：

光合菌

夏季使用：光合菌在夏季脱硫、降氨氮的效果非常好，还可以分解小分子有机质，净化水质，抑制有害菌和有害藻类的生长，提高水产养殖动物的免疫力。

使用方法：初次使用按2-5g/m³拌精细干肥泥撒入池内，之后每隔20天左右全池泼洒1-2g/m³。

EM菌

主要用于驯水：EM菌包含乳酸菌、丁酸菌、光合菌、酵母菌等80多种有益菌，主要用于稳水，提高苗种成活率，辅助肥水、发酵、粪肥、造化饲料等，改善水质，稳定水质，促进鱼虾蟹的生长，减少病原微生物和不良藻类的滋生，被称为水产养殖中的万能菌种。

扩培和使用方法：使用红糖、井水或自来水、EM菌培养基进行扩培，培养方法为将红糖和培养基加入水中，密封发酵3-7天，根据温度调整发酵时间，使用方法为全塘泼洒，每亩用量为4斤以上。

乳酸菌

属于厌氧菌：可以分解小分子有机物，主要用来降低水体中的酸碱度，稳定水体的pH值。拌料可以提高鱼虾蟹肠道消化酶的活性，促进对营养物质的消化和吸收。水体泼洒可以抑制有害藻类的生长，例如蓝藻、裸甲藻。

扩培和使用方法：使用乳酸菌培养基和红糖，培养方法为将红糖和培养基加入水中，密封发酵3-7天，使用方法为全塘泼洒，每亩用量为4斤以上。

芽孢杆菌

分解大分子有机质：芽孢杆菌主要用来分解水体中的大分子有机质，转化成小分子的无机盐，例如残饵粪便、死亡的浮游生物等，起到净水的作用，同时能为藻类、水草提供养分，起到肥水的作用。

使用方法：菌种活化，按照菌：红糖：水按0.5:1.5:25左右的比例浸泡两个小时以上，浸泡时用小的气泵曝气更佳。使用时间为晴天上午9到11点，保证氧气充足，温度适宜为25℃以上。

其他菌种

蛭弧菌：一种寄生于其他细菌细胞内并能使其裂解的细菌，可以用于水产养殖中控制病原微生物。

硝化细菌：在水产养殖中用于平衡水质，降低氨氮、亚硝酸盐等有害物质。

建议

根据养殖时期选择菌种：养殖前期可以选择EM菌、酵母菌辅助藻类生长；养殖中期可以选择芽孢、光合、乳酸菌净化水质；养殖后期可以选择硝化细菌、乳酸菌、光合菌、芽孢菌平衡水质。

合理使用菌种：不同菌种有不同的作用，建议交替使用，以达到最佳效果。例如，可以先用EM菌进行驯水，然后使用光合菌和乳酸菌进行水质净化，最后使用芽孢杆菌改善底质和抑制有害生物。

注意使用时间和条件：菌种的使用时间和温度条件非常关键，一般建议在晴天上午使用，并开启增氧设备，以确保菌种能够充分发挥作用。