处理养殖甲藻的水需要综合考虑多种方法，以下是一些有效的处理步骤：

调整水体的pH值

甲藻喜欢偏酸性水体，因此可以通过适当使用石灰提高pH值来抑制甲藻的大量繁殖。

遮光处理

利用甲藻趋光性强的特性，可以使用黑碳经典遮光的方法来达到很好的抑制效果。

减少有机质

甲藻喜欢轻度富营养化环境，通过处理水体过多的有机质，可以抑制甚至杀灭甲藻。

控制水温

甲藻喜欢较高的水温，可以通过加水（低温井水）来调节盐度变化和水温差异，从而控制甲藻的大量繁殖。

使用生物制剂

可以使用降解芽孢、利水菌或光合菌宝素等生物制剂来分解水体中的有机质和营养盐，从而抑制甲藻的生长。

解毒处理

当甲藻开始出现死亡时，需要使用生物解毒剂来处理甲藻毒素，避免对养殖生物造成危害。

换水

可以通过排上层水并注入优质的外源水来换掉部分甲藻水，注意加水时间，避免在高温时段进行，以减少甲藻的繁殖。

使用微生态制剂

可以使用含有多种有益微生物的微生态制剂，如聚能菌素、活水益生素等，来抑制甲藻的繁殖，并通过微生物的竞争关系改善水质。

培藻相

适量补充矿物质微量元素，促进硅藻等有益藻成为优势群体，从而争夺甲藻的生存环境和营养。

消毒与底改

可以采用消毒配合生物底改的方法，使用粉剂产品进行消杀水体中的甲藻，并使用底改酵素吸附水中有机质与无机盐，降低水体肥度。

综合以上方法，可以根据实际情况选择合适的方式进行处理，以达到最佳效果。建议在处理过程中密切监测水质变化，并根据需要调整处理措施。