耕地违规养殖的处理方式主要依据《中华人民共和国土地管理法》和相关法规，具体措施如下：

限期拆除或搬离

对于现在进行建设的违规养殖设施，通常会被认定为违法建筑，并限期拆除。这一措施是强制性的，没有商量的余地。

罚款

在基本农田上建养殖场，除了拆除外，还可能面临罚款。具体罚款金额和处罚情况以当地政府部门的处罚决定为准。

恢复土地原状

擅自占用耕地建养殖场的行为，会被责令相关责任人在规定期限内拆除所搭建的建筑物及配套设施，并恢复土地的原有使用状态。

追究刑事责任

占用耕地建窑、建坟或擅自在耕地上建房等，破坏种植条件或造成土地荒漠化、盐渍化的，构成犯罪的，将依法追究刑事责任。

审批手续

若占用耕地建养殖场，必须按照法定程序向相关部门申请，获得审批后方可进行。未获批准或采取欺骗手段获得批准的，将受到处罚，包括拆除违建、恢复土地原状和罚款。

环境保护要求

养殖场在建设过程中需遵守环境保护规定，距离河流、饮用水源和村庄等地方至少500米以上，且要远离景区和主要路段等地。

建议

合法合规：养殖场应尽量使用荒山、荒坡等未利用地，避免占用耕地。若确实需要占用耕地，务必提前向相关部门申请并严格按照审批流程和土地使用规划进行建设。

环保措施：在建设养殖场时，应采取必要的环保措施，确保不对周边环境造成不良影响。

政策了解：了解当地关于养殖用地的具体政策和规定，确保养殖活动合法合规，避免因不了解政策而产生不必要的法律风险。

通过以上措施，可以有效处理耕地违规养殖问题，保护耕地资源，确保农业生产的合规性和可持续性。