如果养殖基地被认定为违建，可以采取以下措施：

举报与投诉

向当地国土资源部门举报，要求整改或拆除。

如果国土资源部门不处理，可以向所在地的人民政府或国土资源部门的上一级部门举报。

可以拨打城建服务热线12319进行电话举报。

立案与调查

违建问题需由相关责任单位或个人向有关部门进行举报或申报，使其对违建行为进行调查并立案处理。

有关部门将组织人员进行现场调查，并收集相关证据，查明养殖场的违建情况及其对环境和周围居民的影响。

违建确认与处罚

在调查过程中，相关部门将根据国家和地方的相关规定，对养殖场的违建行为进行鉴定和确认。

违法行为包括建设起重肉牛舍等与规划不符、未经合法审批建设的污水处理设施等。

一旦违建行为被确认，相关部门将依照法律法规进行处罚或整改。处罚可以包括罚款、责令停产停业、撤销相关资质等。整改则要求养殖场责令限期进行合法化或拆除违建，恢复原状。

环境修复

养殖场违建所造成的环境污染或破坏也需要进行修复和治理。

相关部门应监管养殖场进行环境修复工作，确保养殖场再度符合相关环境要求。

法律救济

如果对违章建筑的认定有争议，可以在规定的时间内申请行政复议。

当事人也可以依法提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

强制拆除

对于在规定期限内未自行拆除的违建，行政机关可以依法强制拆除。

强制拆除必须遵循严格的法定程序，包括书面催告、当事人陈述和申辩、行政机关听取、书面作出强制执行决定、公告并限期自行拆除、依法强制拆除等。

合理补偿

如果养殖场因禁养区域划定后被拆除，养殖户有权获得合理合法的补偿。

具体补偿情况需根据当地政策和法律法规进行具体分析和处理。

建议：

养殖场主应尽快了解相关法律法规，明确自己的权利和义务。

如果确实存在违法行为，应积极配合相关部门的调查和整改工作，避免不必要的法律后果。

如果对拆除决定有异议，应及时申请行政复议或提起行政诉讼，争取公平合理的补偿。