新疆的三文鱼养殖基地主要位于以下几个地区：

新疆阿勒泰地区的布尔津县：

布尔津县位于新疆北部，阿勒泰地区西部，是新疆的主要淡水鱼养殖区域之一。该县水源丰富，水质优良，气候条件适宜三文鱼的生长，冬季寒冷，夏季凉爽，昼夜温差大，有助于三文鱼的生长和繁殖。养殖规模较大，养殖水面达到数千亩。

新疆伊犁州尼勒克县喀拉苏乡：

该基地利用天山脚下纯净冷凉富氧的冰川融水，采用绿色生态环保网箱养殖模式，年可繁育三文鱼苗种800万尾，年产能6000吨。尼勒克县的三文鱼养殖基地采用抗风浪网箱技术，确保了三文鱼的高品质，并且已经走向全国市场。

新疆阿勒泰地区福海县解特阿热勒镇：

福海县的三文鱼养殖基地也在有条不紊地生产，这些基地的养殖技术和条件都处于国内领先水平。

新疆红旗农场：

位于新疆阿图什市以东的红旗农场，利用盐碱水模拟海水环境，调配出适宜不同海产品生长的“人工海水”，养殖了罗非鱼、南美对虾、斑节虾、青蟹等海鲜品种。

新疆阿拉尔天鹅湖：

阿拉尔市位于塔克拉玛干沙漠的西北边缘，利用天鹅湖盐碱水资源的地理条件优势，养殖了鲈鱼、石斑鱼及南美白对虾等水产养殖产业。

新疆乌什县：

乌什县也在养殖三文鱼，采用陆基过水养殖技术，水温常年保持在10~18℃，三文鱼已卖到乌鲁木齐、上海、广州、成都等地。

综上所述，新疆的三文鱼养殖主要集中在阿勒泰地区的布尔津县、伊犁州尼勒克县、福海县，以及阿图什市的红旗农场、阿拉尔的天鹅湖和乌什县等地。这些养殖基地利用各自独特的自然条件和技术优势，生产出高品质的三文鱼产品，满足国内外市场的需求。