在养殖发酵过程中，常用的菌种包括以下几种：

乳酸菌：

乳酸菌是一种革兰氏阳性菌，广泛存在于自然界和食品中，如乳制品、蔬菜和肉类等。它们通过发酵产生乳酸，降低食品的pH值，从而提高食品的营养价值和消化吸收率。乳酸菌在发酵床养猪和发酵饲料中都有广泛应用。

酵母菌：

酵母菌是一种单细胞真菌，能够将糖类发酵分解为酒精和二氧化碳。它是一种兼性厌氧微生物，在有氧和无氧条件下都能存活。酵母菌在发酵饲料和发酵床养猪中也有广泛应用，例如酿酒酵母和产朊假丝酵母。

放线菌：

放线菌是一类细菌，它们在发酵过程中可以产生有益的代谢产物，如细菌蛋白和酸性多糖，从而促进饲料的消化吸收和动物的生长性能。放线菌在发酵床养猪中也有应用。

枯草芽孢杆菌：

枯草芽孢杆菌是一种好氧菌，能够产生芽孢，耐受高温、高压和酸碱，生命力强。它在发酵饲料中有广泛应用。

地衣芽孢杆菌、 两歧双歧杆菌、 粪肠球菌、 屎肠球菌、 德氏乳杆菌保加利亚亚种等：这些菌种也常用于发酵饲料，它们可以将饲料原料转化为微生物菌体蛋白、生物活性小肽类氨基酸、微生物活性益生菌和复合酶制剂，从而提高饲料的营养价值和消化吸收率。

根据不同的发酵床材料和使用目的，可以选择不同的菌种组合。例如，在养猪发酵床中，常用的菌种组合包括乳酸菌、酵母菌和放线菌。而在发酵饲料中，除了上述菌种外，还可以使用枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等。

建议

在选择发酵菌种时，应根据具体的养殖环境和需求进行选择，以达到最佳的发酵效果和动物生产性能。同时，考虑到菌种的耐酸、耐温等特性，以确保发酵过程的稳定性和效率。