养殖场被认定为违建的原因可能包括以下几点：
建设不符合规定：
养殖棚的建设需要符合相关的法规和规定，包括土地利用规划、建设工程规划、农业产业发展规划等。如果养殖棚的位置、规模没有在规划中被允许，或者建设过程中未按照规定进行，存在安全隐患、环境污染等问题，就可能被认定为违建。
手续不齐全：
一些养殖场在建设时可能未办理完整的审批手续，或者存在手续不齐全的情况。特别是在早期，一些地方政府为了鼓励养殖，可能在手续上给予了一定的便利，导致这些养殖场在后续被认定为违建时处于不利地位。
用地性质问题：
如果占用的耕地属于基本农田，根据相关规定，基本农田只能用于粮、棉、油、蔬菜等种植业生产，不能进行房屋建造、树木种植或建设养殖场。在这种情况下，建设养殖场就属于违建，必须拆除。
用途变更：
即使养殖场在建设时符合相关规定，但如果后续将养殖棚改建为其他非农业用途的建筑，或者未按照规定的用途进行使用，也可能被认定为违建。
政府行为：
在某些情况下，政府可能基于各种考虑，将一些养殖场认定为违建，例如在拆迁过程中利用手续问题来压低补偿成本。
综上所述，养殖场被认定为违建的原因多种多样，主要涉及建设、手续、用地性质及政府行为等方面。为了避免被认定为违建，养殖场在建设和使用过程中应严格遵守相关法律法规，并履行必要的审批手续。
