倒闭食品工厂办理破产清算的流程如下：

向法院申请破产

由工厂的法定代表人或管理人向有管辖权的法院提交破产申请书及相关证据。

法院收到申请后进行审查，决定是否受理。

指定管理人

法院受理申请后，会指定专业的破产管理人，负责接管工厂的财产、债务等事务。

管理人需对工厂的财务状况进行清查、审计等工作。

通知债权人

管理人会通过公告等方式通知已知的债权人申报债权，债权人需在规定的期限内申报债权，说明债权的性质、金额等情况。

召开债权人会议

法院会召集债权人会议，由管理人报告破产情况，债权人对相关事项进行讨论和表决，如通过破产财产的分配方案等。

破产财产的处置

管理人对工厂的财产进行评估、拍卖等处置，所得价款用于清偿债务。

编制清算报告

清算工作结束后，管理人需编制清算报告，经法院审查后终结破产程序。

员工权益保护

在破产过程中，要依法保障员工的合法权益，如支付员工工资、经济补偿金等，避免引发劳动纠纷。

清理公司财产

分别编制资产负债表和财产清单。

处理与清算有关的公司未了结的业务。

清缴所欠税款。

清理债权、债务。

参与民事诉讼活动

清算组代表破产企业参与民事诉讼活动，其行为对人民法院负责并汇报工作。

破产财产分配

破产财产在优先支付清算费用后，按以下顺序清偿：

破产企业拖欠的职工工资、劳动保险费用。

破产企业拖欠税款。

破产债权。

注销营业执照

公司破产后，需进行营业执照的注销。

先到国税拿表格，按国税的要求填写、签字、盖章、缴销发票、补税后，收回国税税务登记证，并拿到国税注销税务登记通知书。

再到地税拿表格，补税后，收回地税税务登记证，并拿到地税注销税务登记通知书。

最后到工商局拿表格，交回工商局，收回营业执照。

以上流程需严格遵守法律规定和程序，确保清算工作的公正、公平、合法，以保护各方的合法权益。